В отличии от большиства квестов, Judgement Rites разделён на эпизоды, которые объединены общей сюжетной линией : капитан Кирк и его команда пытаются найти информацию о местонахождении новой, неизвестной доселе инопланетной расы Brassica. В игре классический point&click интерфейс, симпатичная 256-цветная графика, также присутствуют аркадные вставки, хотя их можно отключить.